폐기물관리법에서는 지방자치단체에서 음식물쓰레기를 처리할 때 배출되는 음식물쓰레기의 종류, 양 등에 따라 수수료를 징수할 수 있도록 정하고 있으며 수수료는 음식물 종량제 봉투 또는 폐기물임을 표시하는 표지 등을 판매하는 방법으로 징수하거나 또는 배출량에 따라 산출한 금액을 부과하는 방법으로 징수할 수 있도록 하고 있다. 이에 따라 지방자치단체에서는 통상 세대별 정액제방식, 공동주택별 종량제방식 및 세대별 종량제방식 중 하나를 적용해 생활폐기물수수료를 부과하고 있다.

1. 세대별 정액제방식
지방자치단체는 직접 또는 음식물쓰레기를 수거하는 대행업자를 통해 각 세대가 배출한 음식물쓰레기를 수거하는 대신 관리사무소를 통해 각 세대에 정액의 수수료(예를 들어 세대당 1000원)를 청구하게 된다. 세대별 정액제방식은 각 세대의 음식물쓰레기 배출량과는 무관하게 수수료를 부과하게 돼 각 세대가 음식물쓰레기 배출량을 감소시키고자 하는 유인이 발생하지 않기 때문에 최근에는 거의 적용되지 않는 방식이다.

2. 공동주택별 종량제방식
관리사무소는 음식물쓰레기 납부필증(스티커, 칩)을 미리 구입해 뒀다가 지방자치단체가 직접 또는 음식물쓰레기를 수거하는 대행업자를 통해 각 세대가 배출한 음식물쓰레기를 수거하게 되면 수거하는 음식물쓰레기의 양에 따라 미리 구입한 음식물쓰레기 납부필증을 지방자치단체 또는 대행업자에게 지급하게 된다. 음식물쓰레기 납부필증은 공동주택의 음식물쓰레기 배출량에 따라 사용량(비용)이 달라지게 되므로 부분적으로 음식물쓰레기 배출량을 줄이게 되는 효과를 얻게 된다.

3. 세대별 종량제방식
공동주택별로 생활폐기물수수료를 부담하게 되는 공동주택별 종량제방식하에서는 각 세대가 음식물쓰레기 배출량 이상의 비용을 부담하는 경우도 있고 반대로 음식물쓰레기 배출량보다 적은 비용을 부담하는 경우도 발생하게 되는데 이 경우 세대별 형평성의 문제가 발생하게 되고 음식물쓰레기 배출량보다 적은 비용을 부담하는 일부 세대의 경우 음식물쓰레기 배출량을 줄이고자 하는 유인이 크게 나타나지 않게 되는 문제도 발생하게 된다. 이러한 문제를 보완하기 위해 일부 지방자치단체에서는 음식물쓰레기 배출량을 측정할 수 있는 음식물쓰레기 수거함을 공동주택에 설치하고 각 세대에서 음식물쓰레기를 배출하면 세대 배출량 정보에 기초해 수수료를 청구하는 세대별 종량제방식을 도입하고 있다. 이러한 방식 하에서 각 세대는 음식물쓰레기 배출량에 따라 수수료를 부담하게 되므로 음식물쓰레기 배출량을 가장 효과적으로 줄일 수 있게 돼 최근에 많은 지방자치단체에서 세대별 종량제방식으로의 전환을 추진하고 있다.

이와 같이 생활폐기물의 배출방법에 따라 발생하는 생활폐기물수수료가 달라지게 되며 이로 인해 각 세대로의 생활폐기물수수료 배분방법 역시 상황에 따라 달라질 수 있다. 예를 들어 공동주택별 종량제방식을 적용하는 지역에서는 실제 소요된 비용(납부필증 구입 비용)을 각 세대에 일정한 기준(주택공급면적 또는 세대수)에 따라 배분하는 것이 합리적일 것이며 세대별 종량제방식을 적용하는 지역에서는 월간 세대별배출량을 조례에서 정한 수수료를 적용해 산정하도록 하는 것이 합리적일 것이다.